STAGE DE M2 OU INGENIEUR
Missions
Dans le cadre d’un partenariat avec le laboratoire CRM2 de Vandoeuvre-lès-Nancy, SAYENS recrute un stagiaire, pour un stage de 4-6 mois.
Le laboratoire CRM2 développe des descripteurs, dérivés de la densité électronique, pour évaluer la qualité de la complémentarité électrostatique d’un ancrage moléculaire dans les complexes protéine/ligand. En effet, un logiciel de docking produit typiquement pour un ligand donné plusieurs « poses » possibles dans le site de la protéine hôte. Le positionnement correct du ligand reste cependant incertain. Ce descripteur innovant, pour lequel un brevet a été déposé en collaboration avec la SATT SAYENS, permet d’éliminer certaines des positions déterminées (faux positifs). Le descripteur peut jouer le rôle de filtre dans le cadre d’un criblage virtuel sur une bibliothèque de composés chimiques et peut être combiné avec le score fourni par le logiciel de docking. La version actuelle du descripteur de notation est implémentée dans un code C++ dédié développé dans le laboratoire CRM2. Les résultats des descripteurs de notation peuvent être visualisés dans le logiciel développé au laboratoire MoProViewer de visualisation des molécules, également développé en C++ (utilisant le framework Qt et les bibliothèques OpenGL/OpenMesh).
Vous serez plus précisément en charge des missions suivantes : L’étudiant sera impliqué dans des développements méthodologiques complémentaires de ce descripteur. Il sera chargé de mener une étude de benchmark en appliquant la méthodologie sur une banque de complexes protéine/ligand dont les structures expérimentales sont connues. La bibliothèque contiendra les poses natives ainsi que celles générées par plusieurs logiciels d’amarrage (GOLD, GLIDE, AutoDock_Vina) afin de quantifier l’amélioration de la prédiction des poses correctes. Ces travaux seront menés dans le cadre de collaborations avec des laboratoires spécialisés dans les fonctions d’amarrage moléculaire et de scoring. Au cours du stage, l’étudiant pourra être ponctuellement impliqué dans des développements MoProViewer liés à la fonction de scoring étudiée.
Pour candidater :
Envoyer CV + lettre de motivation à l’adresse mail : inga.girardin@sayens.fr